Skolen, der er medlem af foreningen Lilleskolerne, og som er beliggende på Næringen 98 i Vejlby, blev startet i 1983 af en gruppe lærere og forældre "med intentioner om at skabe en skole, som kan give børnene et godt skoleliv, og hvor hvert enkelt barn er synligt for fællesskabet". En brand i 1999 gav skolen mulighed for at opføre helt nye bygninger "udfra de bærende pædagogiske ideer og 16 års erfaringer". Indvielsen fandt sted i august 2000.

Børnenes Friskole har elever fra børnehave- til 9. klasse, og elevtallet har været jævnt stigende.