Det økumeniske Center blev grundlagt i 1966 i Aarhus af blandt andre Johannes Aagaard, som var centerets første formand. Rammerne var først og fremmest et stort hus på Kløvermarksvej 4, ikke langt fra Aarhus Universitet.

Centeret udsprang af Aarhus kristelige Studenterbevægelse og var i de følgende årtier ramme om en lang række aktiviteter indenfor socialetik, ulandsoplysning, Kirkernes Raceprogram, ligeberettigelse mellem kønnene, kirkelig fornyelse, herunder etablering af gudstjenestefællesskabet Den åbne Familie, retrætehuset Skovhuset, samt undervisning, herunder Teologi for Lægfolk, der i dag er en levende selvstændig organisation. Gennem årene stod Centeret bag talrige publikationer og konferencer om aktuelle emner inden for samfund og kirke.