Ejner Mikkelsen fik sin uddannelse som murer hos faderen 1904-08 og tog konstruktøreksamen i Aarhus 1910. Han var svend, formand, konduktør og tegner bl.a. et år i Norge og Tyskland 1910-16. I 1916 tog han borgerskab som murermester og entreprenør i Aarhus og blev optaget som kompagnon i faderens virksomhed (grundlagt 1891). Fra 1921 var han eneindehaver. Firmaet omdannedes til aktieselskab 1956, og Mikkelsen blev direktør og formand for bestyrelsen i A/S Ejner Mikkelsen.

Sad i Byrådet 1942-46.